To, međutim, ne znači da nema različitih sigurnosnih rizika te potencijalnih ugroza: Naglašava se kako je jugoistočno susjedstvo RH "još uvijek opterećeno brojnim sigurnosnim, političkim, gospodarskim i društvenim izazovima" te da takve prilike otvaraju prostor za "djelovanje izvanjskih aktera, posebice država čiji se interesi i pogledi ne podudaraju s euroatlantskom perspektivom ovih prostora." Ističe se i da je "transnacionalni organizirani kriminal" snažan na jugoistoku Europe (tzv. balkanska ruta i dalje ostaje glavna ruta za dovoz heroina u Europu, a vrlo je značajna i za krijumčarenje marihuane) te da je još uvijek prisutna teroristička prijetnja Europi, odnosno da "povratak boraca ISIL-a u matične europske države predstavlja osobit rizik za sigurnost". Tijekom 2019. godine u države hrvatskog jugoistočnog susjedstva vratilo se 136 osoba iz Sirije, od kojih je najmanje 12 boraca ISIL-a, dok su ostalo uglavnom žene i djeca.
U izvješću stoji i da se preko teritorija RH "stalno odvijaju pokušaji krijumčarenja oružja prema zapadnoj Europi, što je spriječeno više puta tijekom 2019. godine" te se naglašava da u kontekstu krijumčarenja oružja "postoji stalni rizik od pokušaja krijumčarenja roba koje mogu poslužiti kao komponente oružja za masovno uništenje".
Značajan je i porast "kibernetizacije" sigurnosno-obavještajne aktivnosti, odnosno sve veći broj sigurnosnih ugroza u kibernetičkoj sferi; u izvješću tako stoji da je u prošloj godini "Centar za kibernetičke tehnologije SOA-e detektirao i zaustavio pet sofisticiranih kibernetičkih napada, među kojima su bili i napadi na Ministarstvo obrane te Ministarstvo vanjskih i europskih poslova." Naglašava se i da je EU nedavno po prvi put uvela sankcije protiv ruskih, kineskih i sjevernokorejskih hakera i tvrtki, među kojima je i ruska vojna obavještajna služba GRU. I dalje je primjetna prisutnost informacijskog djelovanja prema RH "na način da se u informacijski i medijski prostor plasiraju fragmentirani podaci, lažne i iskrivljene vijesti kojima se pokušava nametnuti viđenje nekog događaja i/ili mijenjati svijest ili stavove kod javnosti".
Unatoč ukupnom smanjenju na razini Europe, u zadnje se tri godine ipak povećava broj migranata na balkanskoj (istočnomediteranskoj) ruti preko koje se najveći broj migranata i izbjeglica pokušava prebaciti u zapadnu Europu preko teritorija RH. To ujedno znači i da je "balkanska ruta vrlo atraktivna za organizirane kriminalne skupine krijumčara migranata". Prema podacima Frontexa, tijekom 2019. godine na balkanskoj je ruti detektirano više od 82 tisuće ilegalnih migranata, što je porast od oko 46% u odnosu na 2018. godinu, kada ih je bilo oko 56 tisuća. Usprkos tome, naglašava se da u Hrvatskoj ne postoji antiimigracijski ekstremizam.
Općenito se naglašava kako u Hrvatskoj niti jedan oblik ekstremizma "nema snagu ni potporu javnosti", odnosno da su "ekstremističke skupine malobrojne i neorganizirane". Povremeno se događaju "međusobni obračuni ekstremnih pripadnika navijačkih skupina koji narušavaju javni red i mir" te koji ponekad "poprimaju formu međuetničkih sukoba".
SOA je tijekom 2019. godine obavila ukupno 6241 sigurnosnu provjeru te o svim važnijim situacijama i sigurnosnim procjenama državnom vrhu dostavila po 440 analitičkih uradaka. U istoj godini proračun SOA-e iznosio je oko 398 milijuna kuna. SOA nastavlja zapošljavati te naglašava da svake godine nakon objave godišnjeg izvješća zaprimi tisuće prijava za posao.
